EVA防水板热熔垫片充填有单口充填及同一管袋多口充填两种方式。单口充填时，管袋局部充填完成后，需要关闭支管闸阀，再移动充填支管连接至的充填口，闸阀关闭后在支管中聚集的大量泥水会让其移动起来非常困难，且更换充填口时泄漏的污泥也会对操作工人健康造成潜在的危害。对一条管袋多口充填时，管袋的每个充填口都与各支管连接，阀门控制，此时充填连接支管数量较多，但同一条管袋多口充填，可以保证管袋内部充填物的均匀性，并且可以避免因更换充填口而对工人健康造成的危害。
出于稳定性以及节省空间、节省投资的考虑，需要对土工管袋进行多层堆叠充填。多层堆叠脱水时需要下层管袋已经完成充填及脱水固化过程，进行上层管袋的充填与脱水。上层管袋要放置于下层两个已完成充填的管袋中间，以保证稳定性，如图所示。上层管袋在充填时会在下层两个管袋的间隙部分产生一定的塌陷，该部分会产生较高的局部压力。该部分是管袋充填中的整个管袋的薄弱点之一，解决办法是可以在两个充填完成的管袋之间的V型空隙填充柔性填充物，来保证上层管袋充填时所需底部平面的平整性。